En algunos casos es un auténtico suplicio el hacer que vuelva a arrancar el sistema con normalidad.
La solucion mejor es arrancar el ordenador desde un sistema live en un cd o mejor en un usb e intentar repara el sector de arranque del disco duro.
Una herramienta que me ha sido especilamente util es boot-repair
La he usado para repara el mbr de sistemas clonados a diferentes discos y en problemas con el arranque de origen desconocido.
Protocolo:
1) Arrancar el sistema desde un live USB, yo he usado xubuntu 12.04.
2) Tener acceso a internet.
3) Abrir una consola.
4) Ejecutar:
sudo add-apt-repository ppa:yannubuntu/boot-repair && sudo apt-get update
sudo apt-get install -y boot-repair && boot-repair
5) Reapara el MBR del disco :
6) Reboot desde el disco duro.
7) Cruzar todos los deditos.
Ref.:
http://sourceforge.net/p/boot-repair/home/Home/
https://help.ubuntu.com/community/Boot-Repair